La nouvelle université sera structurée en pôles regroupant des ensembles disciplinaires cohérents contribuant à l’élaboration d’une stratégie à l’échelle de l’EPE et organisant les activités de formation et de recherche au plus près des UFR, instituts et laboratoires qui les composeront. Par ailleurs, des instituts thématiques permettront de tirer pleinement partie du rapprochement entre les établissements en proposant une démarche transdisciplinaires autour de grands axes thématiques. L’EPE tiendra ainsi ensemble l’exigence de soutenir les disciplines qui le composeront et de favoriser les décloisonnements qu’appellent les défis scientifiques et sociaux. C’est sur la base de disciplines fortes que se structureront des projets transversaux ambitieux.